以下、ヘルプからの引用です。

DXF読み込み時の注意事項
・BLOCK文の入れ子には対応していませんので、出力側でR12以前のオプションにて書きだして下さい。
・救済読込み(Ctrl+Kで起動)はBLOCK文の入れ子に対応していますので、標準読み込みで駄目な場合お試し下さい。
・DXFファイル形式が曖昧な定義構成の為に、全てのＣＡＤに対応する事は不可能な状態です。だいたいの図形がくれば良しとして下さい。
・変換精度を高めるためには、出力側ＣＡＤのオプションを多用して、BLOCK文の展開等を行う努力も必要です。
・Shiftキーを押しながら読み込むと、環境設定のレイヤ展開オプションと逆の動作をします。

以上、出力側での調整も試みて下さい。