おおむね5年くらい前にフリー版ダウンロードして、非常に重宝していま
す。現在のフリー版はその後バージョンアップしているのでしょうか。
その場合、再ダウンロードすれば上書きされるのでしょうか。

5年と言うとVer8だと思いますが、最新はVer9.06Fをアップしています。
http://www.vector.co.jp/soft/dl/winnt/business/se477968.html

ダウンロード後にインストールすればVer9が使えますが、旧版はそのままあります。
共存できますが、不要であればアンインストールして下さい。