> M01を行の末尾に追加するのではなく
> 次の行に追加するスクリプトを作りたいのですが、最後の2行がうまくいきません。

Program AddM01B;
var
i : integer;
s : string;
add : boolean;

Begin // エディタにNCデータを準備しておいて下さい。
i := 1;
while i<EditorLength() do
Begin
add := false;
s := EditorRead(i);
if Pos('G43', s) > 0 then add := true; // G43がターゲット
if add then
Begin
inc(i);
EditorInsert(i, 'M01');
End;
inc(i);
End;
End.

これでいかがでしょうか？（インデントがおかしいので、AddM01B.zipを添付しておきます）
※通常Forループのカウンタ変数には代入出来ません。

説明不足がありました。

スクリプトの動作確認のため
CUTやMILLで作成したNCプログラムではなく
内蔵テキストエディタに直接ダミーデータを入力して
動作確認をしたところ
最後の2行にM01が追加されません。

AddM01B.PASを実行しても同じ結果です。

テスト方法に問題があるのでしょうか。
EditorInsertの不具合でしょうか。
確認をお願いします。

こういった場合はStringListに格納した方が解りやすく出来ます。

// NCコードに行の挿入例 2014/10/29 NabeTech
// エディタにNCデータを準備しておいて下さい。

Program WorkPositionEdit;
var
i, leng : integer;
s : string;
sl : stringlist;

begin
sl := stringlist.Create; // StringListの利用例
sl.Clear;

leng := EditorLength(); // エディタの行数を取得する
for i:=1 to leng do // StringListに全行を格納する
sl.Add(EditorRead(i));

EditorCrear(); // エディタの消去

for i:=1 to leng do
Begin
s := sl.GetItem(i-1); // 注:インデックスと違う
Writeln(s);
if Length(s) < 1 then continue;
if Pos('%', s) > 0 then continue;
Writeln('M01');
End;

sl.Free; // 解放を忘れずに
End.