Headerでは効果ありませんでした。

どうやらLinuxCNCでは、ファイル読み込み時に構文チェックをしていて
>"G90X56.5Y40.5"
は座標はあるけど、何をしたいのか書いていないのでエラーにしている
のではないかと思いました。

例題どおり実行すると(XY座標値は違いますが)
"(DRILL-7)"
"G90G00X22.5Y37.5"
途中省略
"(MILL-6)"
"G90X56.5Y40.5"
"M03S1000"
"M08"
"G00Z5.0"
以下省略

と、なります。DRILLにはG00が書いてあるのに、
MILLには抜けているので書き加える事ができました。
MILLの時はこうするものでしょうか。あるいはたまたまこうなった
だけの事でしょうか。
ちなみに、書き忘れましたがver2.04から使い始めています。