> ただ6mmの円を描いて、１８０度くらいでカットして
> 等高線をCAMで処理をしようとしました。

おおざっぱで、よく解りませんが、カッター径が怪しいですね。
添付図をご覧下さい。うまく動作しています。
まず、同じ状態を再現してもらえませんか。